نظرا للتقدم العلمي والتكنولوجي السريع في مجال الطبي والهندسي يعمل قسم هندسة تقنيات الفيزياء الصحية من أجل تحقيق أهداف استراتيجية واضحة تساعده على تحقيق مكانة بارزة داخل المجتمعات الصحية والطبية وتقع الاهداف الرئيسية للقسم ضمن المحاور التالية:

1.    تخريج مهندسين مؤهلين في تخصصات هندسة تقنيات الفيزياء الصحية والعلاج الإشعاعي، يتمتعون بالقدرة على التحليل وإيجاد الحلول المناسبة للمشاكل العملية، والتعامل بمهارة عالية مع التكنولوجيا المتقدمة.

2.    إعداد الخريجين المؤهلين للمشاركة في الدراسات العليا داخل وخارج العراق، والعمل في مراكز البحوث.

3.    المشاركة في إعداد البحوث العملية في مجال هندسة تقنيات الفيزياء الصحية والعلاج الإشعاعي، ووضع الحلول للمشاكل العملية، والمساهمة في خدمة المجتمع.

4.    المشاركة الفعّالة في تنمية المجتمع ورفع مستوى التعليم والتدريب المستمر في مجال الهندسة التقنية، وتنظيم المؤتمرات والندوات، وتبني منهجيات للتحسين المستمر في جميع الأنشطة.